Llega un momento en que Jekyll se encierra estúpidamente en su laboratorio atenazado por una angustia que nadie comprende. Otro amigo de Utterson, Lanyon, muere de un shock espiritual con el que el señor Jekyll parece estar relacionado. Un día el mayordomo de Jekyll, Poole, pide ayuda a Utterson para tratar con un individuo desconocido que, de alguna forma, ha conseguido entrar en el laboratorio y matar a Jekyll. Ambos descubren que el extraño es Hyde, y cuando consiguen entrar en el laboratorio, encuentran el cadáver de Hyde, que se ha suicidado, mientras que Jekyll no aparece en ninguna parte.
Finalmente, Utterson lee sendas cartas legadas por Lanyon y Jekyll. La primera revela que Lanyon ha sido testigo de la transformación física de Hyde en Jekyll por medio de un brebaje inventado por éste último. Fue el horror ante tal descubrimiento lo que le llevó finalmente a la muerte.
La otra carta es una confesión del propio Jekyll: en su juventud, se dio cuenta de que la conciencia de cada ser humano se compone de dos aspectos - el bien y el mal - que están enzarzados en una lucha continua. Siguiendo la hipótesis de que es posible polarizar y separar estos dos componentes del yo, creó una poción que podía transformar a una persona en la encarnación de su parte maléfica, consiguiendo al mismo tiempo depurar el lado bueno. Después de tomar la poción, Jekyll disminuía un tanto su estatura, tomaba un aspecto desagradable para con todos sus semejantes, adquiría la fuerza de 12 hombres y su astucia ,su naturaleza malvada se volvía dominante, además su inteligencia se hacía estrañamente brillante,y sus reflejos extraordinarios; a esta "persona" la llamó Edward Hyde. Después de unas cuantas transformaciones a Hyde, y viceversa, Jekyll se acostumbró a realizar regularmente la metamorfosis con el fin de poder entregarse a placeres antisociales prohibidos, que nunca se permitiría en la persona de Jekyll. Sin embargo, su parte maléfica se fue haciendo más y más fuerte, rebasando la capacidad de Jekyll para controlarla. Después del asesinato del parlamentario, Jekyll, horrorizado, decidió dejar de tomar la poción.
Desgraciadamente para el doctor, después de algún tiempo de tranquilidad, las trasformaciones a Hyde se producían espontáneamente, y Jekyll solo podía permanecer de esta forma mientras durasen los efectos, cada vez más debilitados, de la poción. Finalmente se agotó un ingrediente fundamental de la poción, una sal que había adquirido inicialmente en gran cantidad. Las nuevas remesas de esta sal ya no producían una poción efectiva. Al principio, Jekyll lo atribuyó a impurezas en estas remesas, pero finalmente llegó a la conclusión de que la impureza desconocida se hallaba en el lote inicial, siendo ésta la que otorgaba efectividad a la mezcla, por lo que nunca más podría obtener una poción efectiva, y quedaría convertido en Hyde permanentemente.
